Lijek prvog izbora za liječenje akutnih nekompliciranih infekcija donjeg urotrakta žena je nitrofurantoin (7 dana), a alternativni lijekovi su koamoksiklav (7 dana), cefaleksin (7 dana) i norfloksacin (3 dana). Akutni nekomplicirani pijelonefritis (ANP) primarno se liječi koamoksiklavom, a alternativno gentamicinom, cefalosporinima II ili III generacije te ciprofloksacinom (10-14 dana). Lijek prvog izbora za komplicirane IMS (cistitis, pijelonefritis) je koamoksiklav, a alternativa su cefalosporini II ili III generacije te ciprofloksacin (7-14 dana). Klinički teži oblici ANP i kompliciranih IMS liječe se bolnički parenteralnom primjenom baktericidnih antibiotika, a empirijska terapija često se započima kombinacijom betalaktama i gentamicina. Febrilne IMS muškaraca sa ili bez simptoma i znakova prostatitisa primarno se liječe ciprofloksacinom.

Empirijska antimikrobna terapija za bolnički zadobivene infekcije, te infekcije stranih tijela određuje se prema lokalnoj epidemiološkoj situaciji. Nekomplicirane rekurentne IMS jesu najmanje tri epizode nekomplicirane infekcije (cistitis, pijelonefritis) dokazane u urinokulturi u posljednjih 12 mjeseci ili dvije epizode u posljednjih 6 mjeseci i to samo u žena bez strukturnih/funkcionalnih abnormalnosti urotrakta.

Kurativna antimikrobna terapija dovodi do otklanjanja kliničkih simptoma i eradikacije bakteriurije, ali ne osigurava zaštitu od rekurentnih epizoda. Najučinkovitija profilaktička terapija je antimikrobna profilaksa koja se najčešće provodi nitrofurantoinom.

Opće mjere za liječenje IMS su dobra hidracija, mirovanje, te po potrebi primjena analgetika i antipiretika.