Upalne bolesti crijeva mogu nepovoljno utjecati na mineralizaciju kostiju pa tako usporiti rast djeteta. Uz to i nedovoljan unos vitamina D i kalcija može naštetiti zdravlju kostiju, osobito ako je riječ o osobama koje već pate od spomenute bolesti. 

Zbog važne uloge koje kalcij i vitamin D igraju u izgradnji kostiju, znanstvenici predlažu njihov povećan unos uz zdraviju prehranu i čestu konzumaciju probiotika povoljnih za crijevnu mikrobiotu. Tako bi se smanjio rizik od nedostatka vitamina D i kalcija koji u konačnici dovodi do oštećenja kostiju kod djece s upalnim bolestima crijeva.