Shi je vodila istraživanje o koronavirusu na Institutu za virologiju Wuhan (WIV), laboratoriju visoke razine biosigurnosti, kada su u tom gradu prijavljeni prvi slučajevi COVID-19. Ubrzo nakon toga pojavile su se teorije da je virus procurio - bilo slučajno ili namjerno iz WIV-a.

Shi je stalno govorila da SARS-CoV-2 nikada nije viđen niti proučavan u njenom laboratoriju. No neki komentatori nastavili su se pitati je li jedan od mnogih koronavirusa šišmiša koje je njezin tim desetljećima prikupljao u južnoj Kini usko povezan s njim. Shi je obećala sekvencirati genome koronavirusa i objaviti podatke.

Najnovija analiza, koja nije recenzirana, uključuje podatke iz cijelih genoma 56 novih betakoronavirusa, široke skupine kojoj pripada SARS-CoV-2, kao i neke djelomične sekvence. Svi virusi prikupljeni su između 2004. i 2021. godine.

„Nismo pronašli nikakve nove sekvence koje su bliže povezane sa SARS-CoV-1 i SARS-CoV-2,” rekla je Shi, u unaprijed snimljenoj prezentaciji na konferenciji, u Japanu.

Rezultati podupiru njezinu tvrdnju da WIV laboratorij nije imao nikakve sekvence virusa izvedene iz šišmiša koje su bliže povezane sa SARS-CoV-2 nego što su već opisane u znanstvenim radovima. Poznati virusi najbliži SARS-CoV-2 pronađeni su kod šišmiša u Laosu i Yunnanu, u južnoj Kini — no prošle su godine, ako ne i desetljeća otkako su se odvojili od zajedničkog pretka s virusom koji uzrokuje COVID-19.

Desetljećima je Shi surađivla s Peterom Daszakom, predsjednikom EcoHealth Alliancea, neprofitne organizacije sa sjedištem u New Yorku, kako bi istražili šišmiše u južnoj Kini na koronavirus i proučili njihov rizik za ljude. Rad su financirali američki nacionalni instituti za zdravlje i američka agencija za međunarodni razvoj.  

Tijekom godina, suradnjom između Shi i Daszaka prikupljeno je više od 15.000 briseva šišmiša u regiji. Tim ih je testirao na koronavirus i ponovno sekvencirao genome onih koji su bili pozitivni. Zbirka proširuje poznatu raznolikost koronavirusa.

U široj analizi 233 sekvence — uključujući nove sekvence i neke koje su ranije bile objavljene Shi i njezini kolege identificirali su 7 širokih linija i dokaza o tome da virusi ekstenzivno mijenjaju dijelove RNK, proces poznat kao rekombinacija. Analiza također procjenjuje rizik od prelaska ovih virusa na ljude.