Epidemiološka se situacija, kao i prijašnjih godina može procijeniti prilično povoljnom zahvaljujući sljedećim činjenicama: bolesti povezane sa siromaštvom, slabom sanitacijom i niskim stupnjem obrazovanja su rijetke ili sporadične (trbušni tifus, šigeloza, hepatitis A). Bolesti protiv kojih se cijepi sukladno masovnom programu cijepljenja su suprimirane (mumps, hripavac, tetanus), neke od njih čak eliminirane (ospice, rubela) ili eradicirane (difterija, dječja paraliza).

Europsko regionalno povjerenstvo SZO za ospice i rubelu zaključilo je da je endemska transmisija ospica i rubele u Hrvatskoj u 2016. godini prekinuta (kao što je bilo i za 2014. i 2015. godinu) te je temeljem toga Povjerenstvo 2017. godine proglasilo Hrvatsku zemljom koja je eliminirala ospice i rubelu.

Incidencija HIV infekcije i dalje je niska i ne mijenja se značajno sve od prvo zabilježenog slučaja infekcije.

Klasične spolno prenosive bolesti, gonoreja, sifilis i druge su pod kontrolom, s niskom incidencijom.

Nema epidemija uzrokovanih industrijski proizvedenom hranom.

Epidemije uzrokovane vodom iz javnih vodocrpilišta su iznimna pojava.

2016. godine nastavlja se pad cjepnih obuhvata nekih cjepiva nacionalnog programa cijepljenja. Takav pad zahtijeva dodatne napore u razumijevanju razloga pada i proaktivni pristup kako bi se održali visoki cjepni obuhvati koji čine Hrvatsku različitom u odnosu na neke druge europske države.