Zdrava vaginalna flora neophodna za smanjenje rizika od spolno prenosivih infekcija (SPI), sastoji se od milijuna mikroorganizama, uglavnom laktobacila, kao i drugih bakterija (Gardnerella vaginalis, Atopobium vaginae, prevotella, streptokok, gonokok), HPV-a i gljivica.

Laktobacili proizvode mliječnu kiselinu koja smanjuje pH vagine, kao i vodikov peroksid koji je toksičan za ostale bakterije.

Različiti čimbenici, poput alkohola, prehrane bogate višestruko nezasićenim masnim kiselinama i šećerom, a posebice pušenja, mogu dovesti do poremećaja ravnoteže bakterija u vaginalnoj flori i tako rezultirati vaginozom. Ono što se u tim slučajevima događa je abnormalno razmnožavanje različitih vrsta anaerobnih bakterija koje su inače prisutne u mnogo manjem broju. Postoji relativno smanjenje laktobacila, što rezultira povećanim pH vagine, većim rizikom od zaraze SPI i smanjenom zaštitom od HPV infekcije. Žene koje puše vjerojatno imaju stalne HPV infekcije zbog neravnoteže u vaginalnoj flori.

Kada laktobacila ima manje nego što bi trebalo biti, te bakterije više ne mogu štititi sluznicu rodnice, koju druge bakterije ometaju. HPV tada ima pristup bazalnim stanicama. Pacijentice s perzistentnom vaginozom vjerojatno imaju i perzistentni HPV.

Što je s probioticima? Mogu li istodobno liječiti disbiozu i HPV infekciju? Probiotici jako dobro djeluju na vaginozu, pod uvjetom da se koriste dulje vrijeme. Prepostavlja se da probiotici smanjuju HPV infekcije i lezije niskog stupnja iako niti jedna randomizirana studija ne podržava ovu tvrdnju. Trenutačno nema podataka o učinkovitosti probiotika na lezije visokog stupnja. Liječenje asimptomatskih slučajeva vaginoza smanjuje rizik od trajne HPV infekcije.