Na početku pandemije mnogi su se istraživači usredotočili na antitijela koja se proizvode kao odgovor na infekciju SARS-CoV-2. Poput antitijela,  T-stanice također se bore protiv infekcije ali one su u početku privukle manje pažnje. Mnoga klinička ispitivanja cjepiva protiv COVID_19 analizirala su razine antitijela, a ne T-stanice.

Međutim, kako je pandemija odmicala, postalo je jasno da su T-stanice ključni dio imunološkog odgovora na cjepiva protiv SARS-CoV-2 i COVID-19. Antitijela protiv SARS-CoV-2 oslabila su u mjesecima nakon cijepljenja, ali su cijepljene osobe nastavile stvarati T-stanice koje su prepoznale virus.

Pandemija je istraživačima također dala nove uvide u urođeni imunološki sustav, drugu liniju obrane od virusa.

Urođeni imunološki odgovori nisu tako specifični kao antitijela i T stanice. Stanice mogu osloboditi ove odgovore kada otkriju strane molekule, kao što je RNA genom SARS-CoV-2. Kada stanica otkrije izdajničku molekulu, ona diže uzbunu otpuštanjem proteina - interferona. Ovi proteini aktiviraju stotine gena, uključujući mnoge uključene u obranu od virusa. Reakcija interferona također obavještava druge stanice u istom organu da budu u stanju pripravnosti.

Pandemija je naglasila i  važnost razumijevanja imunoloških odgovora u određenim tkivima, a posebno na mjestu gdje infekcija često počinje: nosu. Vlažna sluznica nosa jedinstveno je imunološko okruženje koje sadrži drugačiju mješavinu antitijela i imunoloških stanica od one u krvi. Kao rezultat toga, ubrizgana cjepiva, koja stvaraju antitijela u krvotoku, možda nisu idealna za blokiranje infekcije u nosu.

Ta specifičnost pomaže objasniti neujednačenu zaštitu koju pružaju cjepiva protiv COVID-19: ona su snažan štit protiv ozbiljne bolesti, koja je uzrokovana virusnom infiltracijom pluća, ali nude samo umjerenu zaštitu od početne infekcije.

Nedugo nakon početka pandemije, neki su ljudi počeli prijavljivati ​​simptome koji su trajali mjesecima nakon infekcije. Ovaj fenomen, nazvan dugi COVID, pokazao se teškim za proučavanje: ljudi s dugim COVID-om mogu doživjeti širok raspon simptoma različite težine i trajanja, a smatra se da to stanje ima nekoliko uzroka.

U posljednjih pet godina, istraživači su naučili da različiti čimbenici mogu pridonijeti takvim postvirusnim bolestima. Naučili su kako virusna infekcija može potaknuti imunološki sustav da proizvodi antitijela protiv vlastitih bjelančevina, kako bi se SARS-CoV-2 mogao sakriti u tijelu mjesecima ili godinama nakon infekcije i kako postvirusne bolesti mogu izazvati reaktivaciju drugih uspavanih virusa u tijelu, kao što je Epstein-Barrov virus.

Znanstvenici diljem svijeta još uvijek imaju mnogo pitanja. Ovaj virus je još uvijek prisutan, još je uvijek važan i još uvijek je vrlo informativan za učenje.