U zdrave djece promijene mikrobioma događaju se do 3. godine života. Tada se mikrobiom ustali i dobiva anaerobnu formu prisutnu kod odraslih. Kolonizacija crijeva novorođenčadi kompleksan je proces koji ovisi o mnogim faktorima poput dobi, vrsti hranjenja i okolišnim čimbenicima.

Majčino mlijeko sadrži brojne kolonije bakterije i hipoteza govori da se one prenose do djetetovih crijeva putem dojenja. Studija objavljena u časopisu JAMA Pediatrics bavila se proučavanjem povezanosti bakterijskih kolonija u majčinom mlijeku i stolici djeteta.

Bakterije su identificirane sekvencioniranjem 16S ribosomske RNA u majčinom mlijeku, na koži areolarne regije i u stolici djece. Ispitano je 107 parova majki i djece. Pokazalo se da je mikrobiom djeteta daleko više sličan bakterijama prisutnim u majčinom mlijeku i koži areolarne regije nego bakterijama prisutnim kod ostalih nasumično odabranih sudionica studije. Tijekom prvih 30 dana života, dojena djeca su dobila više od 75% bakterije iz mlijeka i 10% s majčine kože. Promijene sastava i raznolikosti bakterija ovisile su o dnevnoj količini unosa mlijeka, čak i nakon uvođenja krute hrane.

Rezultati studije potvrđuju hipotezu da se dojenjem crijeva djeteta naseljavaju bakterijama. Time je dodatno naglašena važnost dojenja u razvoju dječjeg mikrobioma.