Metaanaliza se može provesti korištenjem skupinih podataka koji su objavljeni u znanstvenom radu, koji se još mogu nazvati agregatni podatci (engl. aggregate data, AD). Drugi način provođenja metaanalize je korištenje podataka svakog pojedinačnog ispitanika koji je sudjelovao u istraživanju, što se naziva metaanaliza individualnih podataka (engl. individual participant data, IPD). Metaanaliza individualnih podataka ispitanika (IPD-MA) može trajati dulje i može biti skuplja nego metaanaliza agregatnih podataka (AD-MA), ali IPD-MA može biti pouzdanija i može dati detaljnije odgovore na pitanja nego AD-MA.

U ovom Cochrane sustavnom pregledu literature pregledana su istraživanja objavljena do 7. siječnja 2016. u kojima je provedena usporedba rezultata IPD-MA i AD-MA. Pronađeno je 39 takvih istraživanja. Rezultati analize tih istraživanja pokazuju da se u 4 slučaja od 5 mogu donijeti slični zaključci u obje vrste metaanalize, ali u 20% slučajeva će dvije vrste metaanaliza dati različite rezultate i zaključke. Budući nije bilo moguće točno utvrditi kad će se IPD-MA i AD-MA najviše razlikovati, preporučuje se najprije napraviti AD-MA prije nego se provede IPD-MA. Ukoliko se pronađu manjkavosti uz analizu pomoću AD-MA, istraživači bi onda trebali razmotriti može li biti korisno provesti IPD-MA, imajući na umu dodatni posao koji to zahtijeva.