U Hrvatskoj se broj oboljelih od rijetkih bolesti, koji ostvaruju određena invalidska prava, prati u Hrvatskom registru o osobama s invaliditetom. Temeljem navedenog Registra u Hrvatskoj je zabilježeno 2.778 osoba s rijetkim bolestima, koje ostvaruju neka invalidska prava, te je prevalencija oko 6 na 10.000 stanovnika.

Prema podacima znanstvene i stručne literature evidentirano je između pet i sedam tisuća vrsta rijetkih bolesti pri čemu je praćenje epidemiologije o ovoj skupini bolesti posebno otežano i zbog nepostojanja točnih šifri prema Međunarodnoj klasifikaciji bolesti.

Za pojedine, češće dijagnoze postoje udruge pacijenata ali mnoge dijagnoze nemaju svoje udruge radi veoma malog broja oboljelih. Naime, unutar same grupe rijetkih bolesti, postoje i one koje su "vrlo rijetke", te pogađaju jednu osobu na 100.000 stanovnika ili čak i manje. Takvi pacijenti su posebno izolirani i ranjivi. No, obzirom da se većina oboljelih od rijetkih bolesti susreće sa sličnim problemima formiraju se udruge za sve rijetke bolesti koje okupljaju i udruge za pojedine dijagnoze i individualne članove.

S medicinske strane, to su najčešće kronične, degenerativne i smrtonosne bolesti, zbog čega je oboljelima značajno smanjena kvaliteta života, pogotovo jer su ovisni o tuđoj pomoći. Čest je slučaj da se takve bolesti kasno dijagnosticiraju, upravo zbog svoje rijetkosti. Sa socijalne strane, javnost, a čak i medicinski krugovi, imaju vrlo malo saznanja o toj vrsti bolesti, zbog čega je medicinska skrb slabo organizirana, a lijekovi skupi ili slabo istraživani.
S obzirom da postoji širok spektar simptoma, a mnogi od njih su vrlo teški i izazivaju jake bolove, oboljeli rijetko kad mogu sudjelovati u društvenom životu svoje zajednice, koja nije prilagođena njihovim potrebama. Samim time, oboljeli se susreću s mnogim medicinskim, socijalnim i psihološkim problemima. Za velik dio rijetkih bolesti još uvijek nisu pronađeni učinkoviti lijekovi, dok se za one za koje postoje lijekovi uglavnom toliko skupi da si ih oboljeli ne mogu priuštiti. Zbog potrebe senzibilizacije društva i upoznavanjem sa teškoćama s kojim se susreću oboljeli 28. veljače se obilježava kao Međunarodni dan rijetkih bolesti.