Tradicionalni testovi na bakterijske infekcije obično traju oko 7 dana od uzimanja uzorka. Kod nekih infekcija, poput tuberkuloze, može biti potrebno i do 8 tjedana za postavljanje konačne dijagnoze. Ova vremena čekanja mogu odgoditi liječenje i napore u kontroli infekcije.

Integracija tehnologije dugotrajnog sekvenciranja, kao što je sekvenciranje nanopora, u rutinsku dijagnostiku ima potencijal poboljšati osjetljivost i ubrzati dijagnostičko vrijeme.

Tehnike sekvenciranja temeljene na amplikonu koje ciljaju gen 16S ribosomske RNA (16S rRNA) važne su za identifikaciju bakterijskih patogena, osobito kod kritičnih infekcija kao što su meningitis, upala pluća, osteoartikularna infekcija i sepsa kada su uzorci negativni na kulturu zbog prethodnog empirijskog liječenja antibioticima.

Međutim, nekoliko NHS laboratorija trenutno provodi ove testove, oslanjajući se na nestandardizirane protokole sa značajnim međulaboratorijskim razlikama u izvedbi i točnosti testa. Nedostatak komercijalno dostupnih materijala za osiguranje kvalitete također čini izazovom uvođenje i validaciju internih usluga sekvenciranja gena 16S rRNA. Kao rezultat toga, mnoge bolnice odlučuju poslati uzorke referentnim laboratorijima, povećavajući i troškove i vrijeme obrade.

Tim istraživača iz Barts Health NHS Trusta u Londonu, Nacionalnog mjernog laboratorija (engl. The National Measurement Laboratory), Sveučilišta Surrey (engl.  The University of Surrey) i MHRA proveo je studiju kako bi se pozabavili ovim izazovima. Njihovo istraživanje, objavljeno u časopisu Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, testiralo je različite pristupe sekvencioniranju nanopora i setove za pripremu kako bi se stvorio pouzdan okvir kliničkog testiranja za kliničku primjenu.

MHRA navodi da se od 2024. nova metoda sekvenciranja DNK koristi za analizu više od 2000 uzoraka pacijenata u sedam londonskih bolnica. Pokazalo se da ova tehnika točno identificira koje bakterije uzrokuju infekciju i koji će antibiotici najbolje djelovati u liječenju.

Metoda se sada pilotira kako bi se istražile i spriječile bolničke epidemije uzrokovane "superbakterijama" otpornim na antibiotike. MHRA radi na standardizaciji tehnologije, kako bi se omogućilo šire prihvaćanje NHS-a, s krajnjim ciljem da brzo sekvenciranje DNK postane rutinski dio bolničke dijagnostike diljem NHS-a.