U Hrvatskoj se zrakoplovnom medicinom uglavnom bave specijalisti medicine rada i sporta budući da ona pripada prometnojmedicini (koja je sastavni dio medicine rada te se bavi cestovnim, željezničkim, pomorskim i zračnim prometom), a koji su nakon specijalizacije dodatno educirani temeljnom i naprednom obukom iz zrakoplovne medicine, čiji je sadržaj propisan europskom regulativom. Specijalizacija iz zrakoplovne medicine postoji u Engleskoj i Poljskoj.

Liječnike koju su uspješno završili temeljnu i naprednu obuku iz zrakoplovne medicine Hrvatska agencija za civilno zrakoplovstvo (HACZ) certificira kao AME (engl. authorized medical examiner - liječnik certificiran za preglede zrakoplovnog osoblja u svrhu procjene zrakoplovno-zdravstvene sposobnosti i izdavanja certifikata o zdravstvenoj sposobnosti) i ujedno nadzire njihov rad u Hrvatskoj. U HACZ-u djeluje medicinski procjenitelj (engl. medical assessor) koji certificira liječnike koji zadovoljavaju uvjete za AME, sudjeluje u konzultacijama s AME-ima kada je to zakonski propisano te nadzire rad zrakoplovno-medicinskih centara kojih u Hrvatskoj ima tri (dva u Zagrebu i jedan u Splitu). Rad HACZ-a kao i ostalih nadležnih tijela u državama EU nadzire EASA (engl. European Aviation Safety Agency) sa sjedištem u Kölnu u Njemačkoj.

AME-i pregledavaju osobe kojima je zrakoplovstvo profesija, ali i one koje se žele baviti zrakoplovstvom kao sportom (padobranstvo i parajedriličarstvo). Sada u Hrvatskoj imamo certificirano 21 AME-a, međutim, ne pregledavaju svi AME-i sve kategorije zrakoplovnog osoblja. Osim izdavanja certifikata o zdravstvenoj sposobnosti AME-i savjetuje zrakoplovno osoblje o očuvanju zdravlja, a time i njihove radne sposobnosti što je moguće dulje, o sigurnoj uporabi lijekova za vrijeme letenja, savjetuju i cijepe (npr.protiv gripe, COVID-19), te sukladno europskoj regulativi prate ih tijekom liječenja i bolovanja sve do ponovnog aktiviranja njihovog certifikata o zdravstvenoj sposobnosti. Za potrebe zrakoplovnih kompanija AME-i mogu raditi nasumična testiranja mokraće zrakoplovnog osoblja na prisutnost psihoaktivnih tvari i sudjelovati kao dio tima za peer support (podrška pilot pilotu u slučaju postojanja nekih događaja koji utječu na mentalno zdravlje) u kompanijama, što je sve proizašlo kao mjera prevencije i očuvanja mentalnog zdravlja profesionalnih pilota nakon nesreće Germanwings-a 2015. godine.

Zrakoplovno-medicinski centri su organizacije certificirane za obavljanje svih liječničkih pregleda zrakoplovnog osoblja, uključujući inicijalne (prvi puta) liječničke preglede za kategoriju 1 zdravstvene sposobnosti (prometni i profesionalni piloti aviona i helikoptera) te kategoriju 3 zdravstvene sposobnosti (kontrolori zračnog prometa) radi procjene zrakoplovno-zdravstvene sposobnosti i izdavanja certifikata o zdravstvenoj sposobnosti. U AeMC-u moraju biti zaposlena minimalno dva AME-a koji imaju dozvolu i iskustvo s pregledavanjem zrakoplovnog osoblja kategorije 1 (profesionalni piloti) i kategorije 3 (kontrolori zračnog prometa). AeMC-imoraju imati ugovorenu suradnju s nekom kliničkom bolnicom, te istraživati u području zrakoplovne medicine te, prema svemu navedenome, biti podrška svim sudionicima u zrakoplovnoj industriji, kad je zdravlje zrakoplovnog osoblja u pitanju, svojim znanjem, iskustvom i pripadajućim resursima.