Najčešća trovanja hranom su bakterijama, i to salmonelama (Salmonella enteritidis), a česti su i Staphylococcus aureus, Clostridium perfringens, E. coli, Clostridium botulinum i Campylobakter.

Jela koja su posebno rizična za nastanak salmoneloza su jaja i kolači koji se pripremaju od sirovih jaja (kremšnite, princes krafne i sl.); zatim mljeveno meso, najčešće u umaku; majoneze i jela u koja se dodaje majoneza (francuska salata i sl.); tartar umak; panirani, pohani odresci (nedovoljno pečeni) te jaja općenito, pri čemu salmonele mogu biti prisutne izvana na ljusci pa mogu dospjeti u sama jaja ili u jelo s jajima. Salmonele se također mogu unijeti i neopranim rukama osobe koja ih izlučuje (bolesna osoba ili asimptomatski kliconoša) i radi s hranom. I većina ostalih bakterijskih otrovanja hranom događa se na jednak način, to jest umnažanjem uzročnika u namirnicama ili jelima, stajanjem hrane izvan hladnjaka nekoliko sati na sobnoj temperaturi.

Staphylococcus aureus se često nalazi na otvorenim ranicama kože ili u sluznici nosa ljudi koji pripremaju hranu. Kada dospije u hranu stafilokok stvara otrov otporan na temperaturu, koji se kasnijom termičkom obradom ne može uništiti te unatoč kuhanju dovodi do obolijevanja. Trovanje se često događa pri konzumiranju sladoleda ili ohlađenog mesa odojka.

Anaerobne bakterije, kao Clostridium perfringens i Clostridium botulinum razmnažaju se bez prisutnosti zraka, a na namirnice dospijevaju iz nečistoće tla u obliku vrlo otpornih spora. Ako se namirnice prije kuhanja ne operu (na primjer grah), pri pripravi velikih količina (obično grah salate) može doći do aktiviranja tzv. spora, koje prežive kuhanje (do 100°C) i prilikom postupnog hlađenja bez prisutnosti zraka se namnože i izazovu bolest s proljevom. Osnovni je problem nedovoljno kuhanje i sporo hlađenje jela.