U primarne patogene se ubrajaju Escherichia coli i Staphylococcus saprophyticus. Sekundarni patogeni obično uzrokuju infekciju samo kad u domaćina postoji neki od predisponirajućih čimbenika i u njih se ubrajaju druge enterobakterije,enterokoki te Pseudomonas aeruginosa. Među ovim uzročnicima sve su češće multiplorezistentne bakterije. O bakterijskoj vrsti ovisi granična vrijednost koncentracije bakterija u urinu koja zavrjeđuje daljnju laboratorijsku obradu, no konačna interpretacija koncentracije bakterija u urinu ovisi o kliničkoj slici. Simptomi infekcija mokraćnog sustava se ponekad preklapaju sa simptomima vaginitisa i bakterijske vaginoze. Vaginitis je najčešće uzrokovan kandidom ili trihomonasom, a bakterijska vaginoza predstavlja poremećaj fiziološke mikrobiote rodnice u kojoj nestaju laktobacili, a dominiraju Gardnerella vaginalis, razne anaerobne bakterije, Mycoplasma hominis, Ureaplasma urealyticum i Mobiluncus spp. Nalaz bakterija u uzorcima genitourinarnog područja ponekad stimulira nepotrebnu primjenu antibiotika što dovodi do uništenja fiziološke mikrobiote i poticanja razvoja rezistencije. U nejasnim situacijama neophodna je dobra suradnja između kliničara i mikrobiologa kako bi se mogla što bolje prepoznati uloga izoliranih bakterija i odlučiti predstavlja li izolirani uzročnik prijatelja ili neprijatelja.