Odjel za izravnu virološku dijagnostiku pri Hrvatskom Zavodu za javno zdravstvo (HZJZ) u sklopu kojeg djeluje Nacionalni referentni centar za respiratorne i enteralne viruse pri Europskom centru za sprečavanje i kontrolu bolesti (European centre for disease prevention and control- ECDC) i Referentni centar Ministarstva zdravstva za virološku dijagnostiku infekcija dišnog i probavnog sustava, samostalno uzrokuje ili zaprima SARS-COV-2 pozitivne uzorke iz javnozdravstvenih ustanova i bolnica Republike Hrvatske. Zbog provođenja nadzora nad širenjem virusa i praćenja varijanti, pozitivni uzorci se zatim sekvenciraju u HZJZ. Genomski nadzor treba pratiti preporuke Europskog centra za sprečavanje i kontrolu bolesti ECDC za reprezentativno uzorkovanje.

Rezultati sekvenciranja SARS-COV-2 uzoraka prijavljuju se ECDC-u i unose u internacionalnu bazu podataka (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Dana- GISAID).

U svrhu prikaza rezultata sekvenciranja izrađen je i vizualizacijski alat koji koristi otvoreni kod Nextstrain projekta.

Vizualizacijski alat prikazuje rezultate dobivene analizom sekvenci cijelog genoma SARS-CoV-2 sa područja Republike Hrvatske koje su pohranjene u GISAID bazi SARS-CoV-2 sekvenci. 

Svjetska zdravstvena organizacija (SZO) prati određene Omikron podvarijante. Varijante od interesa (variants of concern- VOC) su one čije promjene u genomu utječu na kliničku sliku, izbjegavanje imunog odgovora i širenje virusa. Trenutno je to Omikron BA.5 varijanta.

Varijante pod nadzorom (variants under monitoring- VUM) su one koje imaju promjene u genomu za koje se sumnja da nose povećan rizik i koje bi mogle negativno utjecati na epidemiološku sliku.

U razdoblju od 24.10.2022. do 6.11.2022. ukupno je sekvencirano 434 uzoraka. BA.5 (uključujući BE, BF, BQ) je i u ovom razdoblju dominantna varijanta te čini 97,93% svih sekvenciranih uzoraka, odnosno 425 uzoraka. Zabilježeno je još 5 uzoraka BA.4 te 4 uzorka BA.2.

Od VUM koje prati SZO, u Hrvatskoj su u ovom razdoblju zabilježeni BQ.1 i to kod 42 (9.68%) uzoraka, BF.7 u 87 uzoraka (20,05%), BF.14 u 27 uzoraka (6,22%), BA.2.75 u 4 uzorka, XBB sa 2 uzorka te BA.4.6 u 2 uzorka.

Uspoređujući udio varijanti u zadnjih mjesec dana zabilježili smo porast BQ.1 u ukupnom udjelu sekvenciranih sa 4% na 12%.