Tijekom posljednjih nekoliko desetljeća, tehnološki napredak i inovativnost omogućili su povećanje učinkovitosti i jednostavnost primjene te su poboljšali točnost analiza.

Najčešće funkcijske metode su pH-metrija (s impedancijom, ili bez nje), manometrija jednjaka, anorektalna manometrija te izdisajni testovi. Zlatni standard u dijagnostici gastroezofagealnog refluksa predstavlja pH-metrija jednjaka - izravnim mjerenjem razine kiseline u jednjaku. Metoda može dokumentirati i procijeniti težinu refluksne bolesti, te nadzirati odgovor na medikamentozno ili kirurško liječenje refluksa. Ukoliko sonde za mjerenje pH jednjaka imaju ugrađene i osjetnike za impedanciju, omogućeno je i razlučivanje podtipa refluksa, što usmjerava daljnje liječenje. Manometrijom jednjaka mjere se snaga i koordinacija mišića kao i tlačna sposobnost oba jednjačna sfinktera te tijela jednjaka. Anorektalna manometrija je test kojim se ispituje tlačna funkcija analnog sfinktera kao i postojanje osjeta u završnim dijelovima debelog crijeva.

Izdisajni testovi koriste se u dijagnostici malapsorpcije ugljikohidrata, infekcije bakterijom Helicobacter pylori te bakterijskog preraštanja tankog crijeva. U kliničkoj praksi rjeđe se izvodi antro-duodenalna manometrija kojom se mjere i identificiraju bilo koje abnormalnosti koordinacije i snage kontrakcije mišića želuca i duodenuma. U velikim svjetskim centrima povremeno se izvodi i kolonična manometrija kojom se ispituje snaga pokretljivosti mišića debelog crijeva. Sve te metode znatno olakšavaju kategorizaciju bolesnika s funkcijskim poremećajima, te time usmjeravaju daljnje liječenje.