Na sastav mikrobioma majčinog mlijeka utječe i prehrana
Poznato je da majčino mlijeko sadrži složeni mikrobiom koji doprinosi uspostavljanju crijevne mikrobiote kod dojenčadi. Međutim, čimbenici koji utječu na sastav mikrobioma mlijeka nisu još dobro poznati, iako je poznato da se on mijenja tijekom vremena, kao i da se razlikuje od žene do žene.